学院拥有：

1个教育部重点实验室

——消化道恶性肿瘤教育部重点实验室

2个福建省重点实验室

——福建省肿瘤微生物学重点实验室

福建省癌症和神经退行性疾病重点实验室

3个福建省高等学校重点实验室

——干细胞工程与再生医学福建省高等学校重点实验室

脑老化与神经变性疾病福建省高等学校重点实验室

心血管离子通道信号调控福建省高等学校重点实验室

1个福建省协同创新中心

——干细胞转化医学福建省协同创新中心

3个校级实验室

——福建医科大学肿瘤研究所

福建医科大学临床应用解剖学研究室

福建医科大学疼痛研究中心