我院基础医学一级学科聚焦国际科技前沿，紧密融合国家科技发展计划，围绕福建省影响人民健康的重大公共卫生问题，如神经退行性疾病、消化系统恶性肿瘤和心血管疾病等，开展科学研究，形成了病理与精准医学、微生物感染与肿瘤、生殖与健康3个独具特色的学科研究方向。

病理与精准医学二级学科 主要依托福建医科大学肿瘤研究所、病理诊断中心、病理学系、精准医学研究院开展科学研究，聚焦肝癌、胃癌、食管癌、肺癌等恶性肿瘤的生物学行为、临床病理特点、侵袭、转移机制探讨及分子病理分型、精准诊疗与疗效预测研究，聚焦移植免疫标记物筛选和移植免疫耐受机制探讨，聚焦非肿瘤性肝病（脂肪性肝病、靶免治疗后肝病）损伤机制探讨，聚焦神经肌肉病理诊断与分子机制探讨。

目前，已取得了一定的代表性研究成果：1.探讨肿瘤的的发生发展机制和精准诊疗方法；2.探讨肝移植急性排斥中C4d的意义；3.探讨肝癌和急慢性肝病的诊疗方法；4.探讨肝移植排斥反应标记物及机制；5.探讨恶性肿瘤和急慢性肝病的诊疗方法。

微生物感染与肿瘤二级学科 主要依托消化道恶性肿瘤教育部重点实验室、福建省肿瘤微生物学重点实验室开展科学研究。围绕HBV编码蛋白在HBV相关肝癌中的致病机制、Hp致病蛋白的分子机制、消化道恶性肿瘤诊断标志物及分子机制等子方向开展科学研究；并构建生物信息学、斑马鱼、线虫模型等通用技术平台。

目前，已取得了一定的代表性研究成果：1.HBV编码蛋白在HBV相关肝癌中的致病机制；2.Hp致病蛋白的分子机制；3.KSHV在卡波西肉瘤男性易感新机制；4.EBV相关大B细胞淋巴瘤发展机制；5.金葡菌SSL10蛋白诱导细胞程序性坏死；6.揭示消化道肿瘤诊断标志物及核心分子机制；7.构建生信等通用技术平台注释RNA修饰。

生殖与健康学二级学科 主要依托干细胞工程与再生医学福建省高校重点实验室开展科学研究，实验室成员除本院人员外，还包括福建医科大学附属第一医院、福建医科大学卫生健康研究院、福建省妇幼保健院等生殖领域知名专家和教授。围绕男性生殖、早胚发育与胚胎植入、干细胞与生育力维持、生殖系统肿瘤等子方向开展科学研究。

目前，已取得了一定的代表性研究成果：1.合子基因组激活与植入前胚发育；2.男性不育与防治；3.生殖系统相关肿瘤发生；4.基因敲除模式动物与发病机制。